Pendirian UMSIDA diawali dengan pembukaan Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah Muhammadiyah Sidoarjo (STIT-MS) pada tanggal 1 September 1984 yang merupakan filial Universitas Muhammadiyah Malang (UMM), selanjutnya berdiri secara otonom pada tanggal 9 Februari 1989 berdasarkan SK Menteri Agama RI Nomor: 31 Tahun 1989. Pada tanggal 17 November 1990 berdiri 2 Sekolah Tinggi, yaitu Sekolah Tinggi Ilmu Manajemen Informatika dan Komputer Muhammadiyah Sidoarjo (STIMIK-MS) dengan SK Mendikbud RI Nomor:036/D/O/1990 dan Sekolah Tinggi Ilmu Pertanian Sidoarjo (STIPer-MS) berdasarkan SK Mendikbud Nomor: 037/D/O/1990.
Pada tanggal 11 Oktober 1994 bertambah lagi 2 Sekolah Tinggi, yaitu Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi Muhammadiyah Sidoarjo (STIE-MS) berdasarkan SK Mendikbud Nomor: 089/D/O/1994 dan Sekolah Tinggi Ilmu Sosial dan Ilmu Politik Muhammadiyah Sidoarjo (STISIP-MS) berdasarkan SK Mendikbud Nomor: 091/D/O/1994.
Pada tahun 2000 secara resmi berubah menjadi Universitas berdasarkan SK. Menteri Pendidikan Nasional Nomor: 241/D/0/2000 tertanggal 16 November 2000, sebagai bentuk pengubahan dari penggabungan lima Sekolah Tinggi.
Muhammadiyah Sidoarjo, yaitu: STIE-MS, STISIP-MS, STIPer-MS, STIMIK-MS, dan STIT-MS. Pada saat ini terdapat 8 Fakultas yaitu: Fakultas Pertanian, Fakultas Teknik, Fakultas Agama Islam, Fakultas Ekonomi, Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik (FISIP), Fakultas Hukum, Fakultas Psikologi, Fakultas Ilmu Pendidikan. Selanjutnya, pada Januari 2013, terdapat pengabungan D3 Akdemi Kebidanan Siti Khotijah Sepanjang menjadi Fakultas ke 7, yaitu Fakultas Ilmu Kesehatan.
Seiring perkembangan waktu dan meningkatkan efektifitas tata kelola institusi, maka pada April 2019 dilakukan penggabungan Fakultas sehingga menjadi 5 Fakultas dari 7 fakultas. 5 Fakultas tersebut adalah: Fakultas Sains dan Teknologi (gabungan antara Fakultas Teknik dan Fakultas Pertanian), Fakultas Bisnis, Hukum dan Ilmu Sosial (gabungan antara Fakultas Ekonomi, Fakultas Hukum dan FISIP), Fakultas Psikologi dan Ilmu Pendidikan (gabungan dari Fakultas Psikologi dan Fakultas Ilmu Pendidikan), Fakultas Agama Islam dan Fakultas Ilmu Kesehatan.
Selanjutnya, pada tahun 2021, sebagai respon terhadap kebutuhan masyarakat dalam bidang kesehatan maka Umsida menginisiasi pembukaan Prodi Kedokteran Gigi. Bentuk inisiasi dilakukan melalui pembangunan gedung perkuliahan dan laboratorium Kedokteran Gigi. Sejalan dengan pembangunan gedung, dilakukan persiapan untuk memenuhi kebutuhan dosen, tenaga kependidikan, dan penyusunan kurikulum Prodi Kedokteran Gigi. Pada Mei 2023, dilakukan pengurusan pembukaan prodi Kedokteran Gigi sesuai prosedur yang ditetapkan oleh Kemdikbudristek. Sehingga, pada tanggal 18 Oktober 2023 terbit SK dari Mendikbudristek no 828/E/O/2023 tentang pembukaan program studi kedokteran gigi fakultas kedokteran gigi Umsida.